Durante el cómputo de las actas de la elección para las 67 presidencias municipales, fueron tres los candidatos que en el conteo del Programa de Resultados Electorales Preliminares aparecían como virtuales ganadores, pero tras el cómputo se determinó que el resultado era otro.
Uno de los casos se presentó en el municipio de Nuevo Casas Grandes, en donde el resultado del PREP arrojó una ventaja para el candidato del PAN y PRD, Pedro José García, con 6,799 votos, contra 6,727 votos para la candidata de Morena, PT y Panal, Cynthia Marina Ceballos; esa cantidad se vio superada una vez que se concluyó con el cómputo, dando el triunfo a la abanderada de Morena, Panal y PT por 58 votos, es decir, logró 7,096 unidades contra 7,038 para el candidato del PAN y PRD.
Lo mismo ocurrió en el municipio de Ocampo, en donde los resultados preliminares ponían como virtual ganador a la candidata del PRI, Lilia Irene Ramírez, con 1,202 votos, contra 1,173 unidades para el candidato de Morena José Luis Lozano; finalmente el cómputo arrojó una ventaja para el morenista con 1,792, contra 1,572 votos para la priista.
Otro caso similar se presentó en Riva Palacio, en donde nuevamente un candidato del PRI aparecía como virtual ganador, se trata de Jorge Adrián Aguilar, a quien el PREP daba el triunfo con 613 votos, contra 458 del candidato del PAN, Salvador Chacón; tras el conteo final se determinó que el panista ganó con 1,974 votos, contra 1,159 sufragios obtenidos por el priista.
Un resultado muy cerrado se presentó en el municipio de Manuel Benavides, en donde el perredista Fernando García Villanueva logró 587 unidades y su contrincante Manuel Alfonso Montoya, de Morena, PT y Panal, llegó a los 573 votos, es decir, fueron 14 sufragios los que los separaron en el resultado.
Otro caso peculiar fue el del municipio de Morelos, en donde sólo hubo un candidato, fue el morenista José de Loreto Javalera, quien pese a ser el único candidato en la boleta, obtuvo 1,826 votos, contra 1,383 votos que fueron anulados o por candidatos no registrados.